Захир-ад-Дин Мухаммад Бабур бил роден на 23 февруари 1483 г. в град Андижан, който се намирал във Ферганската долина в Узбекистан. Негов баща бил управникът на долината - Омар Шеик Мирза, който бил внук на сина на Тимур - Тамерлан Миран Шах. Майката на Бабур - Кутлуг Нигар Кханум била наследница на Юнус Кхан, който управлявал Могулистан, разпростиращ се на териториите на днешен Казахстан, Киргистан и Хинджианг в Китай. Захир-ад-Дин принадлежал към племето Барлас, което било с монголски произход, но приело исляма и персийската и тюркска култура и език. Прозвището на императора идвало от персийската дума "бабър" (بابر), което означавало тигър. Това прозвище му отивало, защото според историческите източници, той бил толкова физически силен, че можел да носи спокойно двама човека на рамената си и така да изкачва голям наклон без всякакво усилие, като често правел това просто за развлечение. Легендите твърдят, че Захир обичал да преплува големите реки - включително и река Ганг. Той обожавал природата и създал множество красиви градини. Страстта му към градинарството го накарала да закупи земя в Исталиф - северен Кабул, където засадил различни цветя и дръвчета, ароматът, на които се разнасял навсякъде.
Императорът бил и изключителен поет и романтик, който не само сътворявал поетични творби, но и давал съвети на онези, които искали да се занимават с това изкуство. В историята се е запазило оплакването на Бабур от тромавата лексика в художествените произведения на Хумаюн: „Другия път пиши стихове като използваш прости и ясни думи, без допълнителни усложнения, така ще спестиш трудностите за теб и за читателите при писането и възприемането на стихотворенията.”.
Наред с положителните си черти, Захир-ад-Дин имал и своите недостатъци. Той бил пристрастен към алкохола и наркотиците. Животът на императора бил дълга поредица от пирове, придружени от много алкохол, музика и поезия. Тези пирове били прекъсвани от военните действия, които той водел и от административните му задължения. През цялото това време, Бабур никога не губел чувството си за хумор. Той често обичал да казва: „Аз съм един пиян генерал! Можете да ме съдите, когато изтрезнея.” Друга негова иронична мисъл била: „Всички съжаляват, когато в пияно състояние обещават нещо, а аз обещавам и после съжалявам!”.
Понякога пировете продължавали дълго време, през което не само Захир, но и хората от неговия двор се напивали толкова много, че припадали и се налагало да ги изнасят от залата за тържества. Веднъж бъдещият родоначалник на мугалската империя бил прекалил с алкохола толкова, че не могъл да намери пътя към дома.
Макар, че религията заемала важно място в живота на Бабур, тя не пречела на изключителната жестокост, която той проявявал понякога. Обичал да обезглавява враговете си, като правел от главите им колони.
Отношенията на Захир-ад-Дин Мухаммад Бабур с османците и по-точно, със султан Селим I били нестабилни. Първоначално императорът отказал да приеме Селим за свой сюзерен, но в последствие се наложило да сключи мир с него.
През 1495 г. Захир наследява баща си Омар Шеик Мирза и става владетел на Ферганската долина. Неговият чичо е непреклонен в опитите си да измести своя племенник от трона и да завземе земите му, ето защо Бабур е принуден да прекара голяма част от живота си в изгнание, като си общувал само с неговите приятели и селяни.
В 1497 г., императорът успява да завземе узбекистанския град Самарканд след дълга обсада, траела седем месеца. В същото време бунт на благородниците във Ферган накарало владетеля да се върне почти триста и петдесет километра назад, за да потуши въстанието. По пътя обаче, войските му го изоставили и се върнали в Самараканд, а Захир останал сам някъде по средата на пътя между Самарканд и Ферган.
В 1501 г., Захир бил отново в състояние да завземе Самарканд, но бил победен от неговия противник Мухаммад Шайбани - владетелят на узбеките.
В 1504 г., Бабур създава силна армия, с която успява да премине снежните проходи на планината Хиндукуш и да завземе град Кабул. С този си ход той съумява да придобие едно богато кралство, да възвърне мощта и богатството си и да спечели титлата Падишах.
През следващите години, императорът успява да обедини силите си с тези на неговия родственик Хюсаин Байгарах - владетел на Херат и да започне борба срещу стария си враг, узбекския владетел Мухаммад Шайбани. След смъртта на Хюсаин, Бабур остава да управлява Херат за два месеца, през които се запознава с поета Мир Али Шир Наваи и под негово влияние решава да напише мемоарите си „Бабурнама”, като използва тюркския език чагатай. Бунтовете, избухнали в Кабул, карат Захир да се върне обратно там, оставяйки Херат. Той успява да потуши недоволството, но две години по-късно нов бунт го принуждава да изостави Кабул за кратко. След известно време, той заедно със своите генерали се връща и завладява отново града. През 1510 г., Мухаммад Шайбани е победен от персийския владетел от иранската династия Сафавид - Исмаил I. Това дава възможност на Бабур да опита да възвърне териториите, принадлежали на дедите му. Той сключва съюз с Исмаил Iи става негов сюзерен като се превръща в управител на Самарканд. След загубата на мечтата си да притежава Самарканд, Захир насочва своя поглед към богатите земи на Делхийския султанат като твърди, че той е техен законен владетел като наследник на Тимур, който някога завладял тези територии. Първоначалният владетел на Делхийския султанат - Кхизър Кхан, който основал династията на Саидите, бил изместен от династията от афганистански произход - Лоди. Когато Ибрахим Лоди отказва да върне на Бабур земите, принадлежали някога на неговите предци, императорът решава да направи няколко похода, като успява да завземе Кандахар. С навлизането в долината на Пенджаб, Захир е посъветван да привлече на своя страна раджпутите от клана Джанджия, известни със своите бунтове срещу Делхийския султанат. През 1521 г., мугалският владетел подпомага клана Джанджия в битките му срещу клана Гакхарс, като по този начин си осигурява доверието на раджпутите Джанджия към него. В знак на признателност, раджпутските воини на свой ред помагат на Бабур в битката при Панипат и в битката при Кханва. Поради факта, че отоманската армия, която била снабдена с мускети, създавала проблеми на Бабур, той решил да разработи ново огнестрелно оръжие и така била създадена пушката с барут и фитил. Така императорът успял да завземе сравнително обширни територии и да нанася големи щети в редиците на противниковите армии. Мугалският император успял да оцелее при два бунта срещу него в Кабул и Кандахар и да омиротвори тези райони, спазвайки местните обичаи и подпомагайки вдовиците и сираците. Ибрахим Лоди не бил обичан от своите поданици, нито от своите благородници, които на драго сърце били съгласни да се присъединят към армиите на Бабур в борбата срещу техния владетел. Императорът успял да събере дванадесет хилядна армия, с която се отправил към Индия. По пътя към тази армия се присъединявали много от местните жители и така тя увеличила своя брой.
В 1526 г. синът на Бабур - Хумаюн (тогава на 17 години) успял да спечели битката срещу Лоди, което било сметнато за голяма победа и добра поличба. Стотици воини били взети като военнопленници, както и много слонове. По заповед на мугалският владетел, пленниците били разстреляни. На 21 април 1526 г., в първата битка при Панипат, Ибрахим Лоди е убит, а армията му разгромена. С тази победа Бабур успява да наложи влиянието си над Агра и Делхи. Той изпраща своя син Хумаюн в Агра, за да подсигури запазването на богатствата от хазната от разграбване. Тук младият принц заварил семейството на раджата на Гвалиор, който загинал при Панипат, което се опитвало да се предпази от навлизащите мугали. След като Хумаюн им обещал да запази живота им, те му подарили своята най-голяма скъпоценност - красивия диамант Кохинор („Планина от светлина”).
Три дни след битката при Панипат, Захир пристигнал в Делхи, като тук отпразнувал победата си с голям фестивал покрай река Ямуна. В негова чест в голямата джамия „Джама Масджид” била прочетена приветствена и благодарствена молитва, като знак на приемането на неговата власт от населението на Делхи.
Скоро след това Бабур заминал за Агра, където бил посрещнат от своя син, който с гордост му показал ценния трофей - диаманта Кохинор. Царският бижутер, при вида на диаманта, споменал на владетеля, че стойността на скъпоценния камък е толкова голяма, че може да стигне за изхранването на света за два и половина дни.
Въпреки, че бил пълновластен владетел на Агра и Делхи, Бабур прекарвал много безсънни нощи при мисълта за заплахата от раджите на Меват и Мевар - раджа Хасан Кхан и рана Санграм Сингх.
С установяването на властта на мугалите в Индия, започва и съпротивата на раджпутите и борбата им за независимост. Честите бунтове били предвождани от владетеля на Мевар и на Меват. В резултат от тези бунтове, раджпутите успели да завоюват територии югозападно от тези на Бабур, наречени Раджпутана и да установят властта си над земи в северната част на Индия, които укрепили с мощни крепости. Тяхното владение не било единно кралство, а конфедерация от княжества, намиращи се под покровителството на рана Санга. Раджпутските владетели се надявали, че могат да си възвърнат загубените преди 350 години територии в Индия, завзети от шах Шахаб уд-Дин Мухаммад Гори в 1192 г. Те разчитали на горещото лято, което демобилизирало силите на армията на Бабур, на разногласията в редиците на войските на императора и на несигурността сред военачалниците му, породена от слуховете за достойнството, смелостта и саможертвеността на раджпутските войни. Въпреки, че силите на раджпутите превишавали тези на мугалския император, той мобилизирал своите воини и оказал решителен отпор на рана Санга, като в същото време завоювал нови територии, които присъединил към мугалските владения в Индия.
Захир-ад-Дин Мухаммад Бабур починал на 47 години от дизентерия в крепостта Агра на 5 януари 1531 г., а престола му бил наследен от неговия син Назир уд-Дин Мохаммад Хумяюн. Първоначално Бабур бил погребан в мавзолей в Червената крепост, но девет години по-късно тленните му останки са преместени в мраморна гробница в Кабул, разположена сред любимите на императора градини Багх-е Бабур. Тази гробница била оградена с красив мраморен параван, направен от Шах Джахан, който построява и джамия на една от терасите на градината. В близост до гроба на Захир уд-Дин Шах Джахан поставя надпис, който гласи:
„Само тази прекрасна джамия,
този храм на добродетелта, построен за молитва на светците и срещи с бога, е достойна да стои на такова свято място, кръстопът на архангели, небесен театър, окъпана в светлина небесна градина, където сред райската вселения почива опростеният от бога ангелоподобен император Захир уд-Дин Мохаммад Бабур - Завоевателят. Ако има рай на Земята, то той е тук, той е тук...!”.